¿Qué tal Lorena? :P
Es lógico que tengas éste tipo de dudas con el ejercicio aeróbico, veamos si puedo aclarártelo.
Cierto es que si realizamos un ejercicio aeróbico a gran intensidad vamos a quemar más calorías que si lo hacemos de forma moderada, pero si perseguimos la quema de grasas lo mejor es que realicemos el ejercicio aeróbico elegido, ya sea bicicleta, correr, step, a una intensidad moderada, digamos a un ritmo lento y continuado, es en ésta condición que nos permitirá oxidar las grasas y preservar la masa muscular

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Si por el contrario realizamos un ejercicio aeróbico como correr, a un ritmo demasiado fuerte lograremos incrementar notablemente la capacidad cardiovascular, mejorar tiempos en carrera y también quemaremos más cantidad de calorías, pero no así de grasa, quemaremos grasa pero en menor cantidad. Además de que corremos el riesgo de que si el esfuerzo es demasiado continuado, digamos que mantengamos un ritmo elevado durante mucho tiempo, perdamos músculo.
Siempre debemos recordar que
a más músculo más grasa quemamos en estado de reposo 
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Comentarte que para saber si te encuentras en el ritmo adecuado para pérdida de grasa en tu ejercicio aeróbico si puedes disponer de un pulsómetro sería perfecto. Pero si no dispones de él, existe una fórmula que puedes aplicar para conocer tus pulsaciones cardíacas máximas y así poder igualmente saber en las que debes mantenerte para lograr la mayor pérdida de grasa. Es ésta:
226- (edad) = FCM (Frecuencia cardíaca máxima)
En el supuesto de que tu edad fueran 24 años haríamos lo siguiente:
226- 24 = 202. Bien, tenemos nuestra frecuencia cardíaca máxima que es 202, pues para una óptima quema de grasa deberíamos mantenernos entre el 60% y 75% de nuestra FCM, en éste caso serían 140 pulsaciones aproximadamente, en las que nos mantendríamos si nos es posible durante unos 30 o 40 minutos.
Me he extendido bastante, pero quería que éste tema te quedase totalmente aclarado.
Cualquier duda que se te presente nos cuentas... y ahora corre al gym!
Un abrazo